旅客機だと普通にトイレに行きます。ちなみに最新のB777だとハイジャック対策でコックピットのドアが二重になっていますが、内側のドアと外側のドアとの間にパイロット専用のトイレがあります。余談ですが数年前に日本のヤクザさんが海外で仕入れた手榴弾を誤って機内で爆発させ(外国の航空会社)与圧&舵を動かす油圧の一部が破壊され運悪く機長がトイレに行っていたため副操縦士が緊急降下のすべての操作を行ったことがあります。
戦闘機や小型機だと座ったらそのままでトイレなんて当然ついてませんので、カー用品の携帯用の用足しセットか場合によっては漏斗がついていますのでそれで垂れ流します。ちなみに上空は気温が低いので漏斗を使う際は用心しないと出口が凍っていて悲惨なことに。。。またまた余談ですが、ロシアのSu-34という大型戦闘機は長時間の任務に備えてコックピットの椅子はマッサージ機能付き、トイレはもちろん、コーヒーくらいは作れる簡単なキッチンまでついています。